Pendant les temps préhistoriques Sifnos n'était pas peuplée, comme le reste des Cyclades ; elle était pleine de forets et sa faune était très riche. Cette situation a commencé à changer pendent l'époque néolithique, quand les îles ont été peuplées alors les hommes ont commencé à brûler les forets pour les transformer en pâtis et en champs. Ainsi le paysage de Sifnos comme on le connaît aujourd'hui a été formé. Ses caractéristiques principales sont la végétation broussailleuse, là où la terre est cultivée comme pâtis et les terrasses, où on cultivait des grains, des vignes et peu d'oliviers. Il y avait des temps où Sifnos et les îles voisines pouvaient nourrir une population importante quand on y cultivait systématiquement. Mais aujourd'hui, la plupart des terrasses sont incultes parce que le peuple s'occupe principalement du tourisme.
La terre de Sifnos offre beaucoup des marbres cristallins et macro-cristallins et d'autres roches. Des minerais de fer et de manganèse sont trouvés aujourd'hui aux locations Agios Sostis, Agios Silvestros, Vorini, Kapsalo etc. les minerais de Sifnos étaient renommés dès l'antiquité. Ils sont mentionnés par Pausanias, Hérodote, Stravonas et Plinios.
Il y a la tradition que Sifnos était riche en fer, plomb, or et en argent et car les résidents de Sifnos avaient violé la commande d'Apollo selon laquelle ils devaient envoyer comme tribut un œuf en or à Delphes (ils en ont envoyé un doré au lieu d'un en or), un raz de marée à fait disparaître toutes les mines. Les mines les plus connues pendant l'antiquité étaient celles d'Agios Sostis et de Kapsalos ou Schismades.
Pendant sa promenade à Sifnos le visiteur rencontre des petits forets de genévriers de Phénicie, de lauriers-roses, des tamaris communs, et au fond de la mer il y a des colonies du plant renommé poseidonia oceanica, qui est protégé par la législation européenne.
Sifnos est un bon passage pour les oiseaux migrateurs, comme le héron, l'ortolan, le guêpier, la tourterelle, et beaucoup de poules d'eau. Il y a bien sûr aussi des oiseaux qui arrivent à Sifnos pour y passer l'été et parmi ces oiseaux il y a le rouge-gorge, le martinet etc.
Il y a aussi les oiseaux de proie comme le hobereau eurasien, le puffin cendré (calonectris diomedea), l'aigle de Bonelli (hieraaetus fasciatus), le faucon pèlerin (falco peregrinus), le faucon d'Eléonore (falco eleonorae) etc. Pour ces espèces d'animaux et de plants qui se trouvent sous protection la partie ouest de Sifnos a été intégrée dans le réseau NATURA 2000 de l'union Européenne.